2011年9月6日农业部公告第1643号公布， 2015年4月29日农业部令2015年第1号修订。
第一条 为加强转基因棉花种子生产、经营许可管理，根据《中华人民共和国种子法》、《农业转基因生物安全管理条例》和《农作物种子生产经营许可管理办法》，制定本规定。
第二条 转基因棉花种子生产、经营许可证，由生产所在地省级人民政府农业行政主管部门审核，农业部核发。
第三条 申请领取转基因棉花种子生产许可证的，应当具备以下条件：
（一）注册资本不少于3000万元；
（二）生产的品种取得农业转基因生物安全证书并通过品种审定；生产具有植物新品种权的种子，还应当征得品种权人的书面同意；
（三）具有完好的净度分析台、电子秤、置床设备、电泳仪、电泳槽、样品粉碎机、烘箱、生物显微镜、电冰箱各1台（套）以上，电子天平（感量百分之一、千分之一和万分之一）1套以上，扦样器、分样器、发芽箱各2台（套）以上，pcr扩增仪、酸度计、高压灭菌锅、磁力搅拌器、恒温水浴锅、高速冷冻离心机、成套移液器、酶标仪、洗板机、凝胶成像系统各1台（套）以上；检验室150平方米以上；
（四）有仓库500平方米以上，晒场1000平方米以上或者相应的种子干燥设施设备；
（五）有专职的种子生产技术人员、贮藏技术人员和经省级以上人民政府农业行政主管部门考核合格的种子检验人员各3名以上；有专职的农业转基因生物安全管理人员1名以上；
（六）生产地点在农业转基因生物安全证书批准的区域内，无检疫性有害生物；
（七）符合棉花种子生产规程以及转基因棉花种子安全生产要求的隔离和生产条件；
（八）有相应的农业转基因生物安全管理、防范措施；
（九）农业部规定的其他条件。
第四条 申请转基因棉花种子生产许可证，应当向审核机关提交以下材料：
（一）转基因棉花种子生产许可证申请表；
（二）营业执照复印件；种子检验等设备清单和购置发票复印件；在生产地所在省（自治区、直辖市）的种子检验室、仓库的产权证明复印件；在生产地所在省（自治区、直辖市）的晒场的产权证明（或租赁协议）复印件，或者种子干燥设施设备的产权证明复印件；计量检定机构出具的涉及计量的检验设备的检定证书复印件；相关设施设备的情况说明及实景照片；
（三）种子生产、贮藏、检验技术人员资质证明及劳动合同复印件；农业转基因生物安全管理人员情况说明和劳动合同复印件；
（四）种子生产地点检疫证明；
（五）品种审定证书复印件；
（六）生产具有植物新品种权的种子，提交品种权人的书面同意证明；
（七）种子生产安全隔离和生产条件说明；
（八）农业转基因生物安全证书复印件；
（九）农业转基因生物安全管理、防范措施说明；
（十）农业部规定的其他材料。
转基因棉花种子生产许可证申请者已取得转基因棉花种子经营许可证的，免于提交前款第二项规定的材料和种子贮藏、检验技术人员资质证明及劳动合同复印件，但应当提交转基因棉花种子经营许可证复印件。
第五条 申请转基因棉花种子经营许可证，应当具备以下条件：
（一）注册资本不少于3000万元，固定资产不少于1000万元；
（二）经营的品种取得农业转基因生物安全证书并通过品种审定；经营具有植物新品种权的种子，还应当征得品种权人的书面同意；
（三）有符合本规定第三条第三项和第四项要求的种子种子检验设施设备、仓库、晒场或相应的干燥设施设备；有营业场所300平方米以上，种子加工成套设备总加工能力1吨/小时以上，配备棉籽化学脱绒设备；加工厂房500平方米以上；
（四）有专职的种子加工技术人员、贮藏技术人员和经省级以上人民政府农业行政主管部门考核合格的种子检验人员各3名以上；有专职的农业转基因生物安全管理人员1名以上；
（五）有相应的农业转基因生物安全管理、防范措施；
（六）经营区域在农业转基因生物安全证书批准的区域内；
（七）农业部规定的其他条件。