2006年3月27日农业部令第62号公布，2013年12月31日农业部令2013年第5号、2014年4月25日农业部令2014年第3号、2015年4月29日农业部令2015年第1号修订。
第一章 总则
第一条 为保护和合理利用食用菌种质资源，规范食用菌品种选育及食用菌菌种（以下简称菌种）的生产、经营、使用和管理，根据《中华人民共和国种子法》，制定本办法。
第二条 在中华人民共和国境内从事食用菌品种选育和菌种生产、经营、使用、管理等活动，应当遵守本办法。
第三条 本办法所称菌种是指食用菌菌丝体及其生长基质组成的繁殖材料。
菌种分为母种（一级种）、原种（二级种）和栽培种（三级种）三级。
第四条 农业部主管全国菌种工作。县级以上地方人民政府农业（食用菌，下同）行政主管部门负责本行政区域内的菌种管理工作。
第五条 县级以上地方人民政府农业行政主管部门应当加强食用菌种质资源保护和良种选育、生产、更新、推广工作，鼓励选育、生产、经营相结合。
第二章 种质资源保护和品种选育
第六条 国家保护食用菌种质资源，任何单位和个人不得侵占和破坏。
第七条 禁止采集国家重点保护的天然食用菌种质资源。确因科研等特殊情况需要采集的，应当依法申请办理采集手续。
第八条 任何单位和个人向境外提供食用菌种质资源（包括长有菌丝体的栽培基质及用于菌种分离的子实体），应当报农业部批准。
第九条 从境外引进菌种，应当依法检疫，并在引进后30日内，送适量菌种至中国农业微生物菌种保藏管理中心保存。
第十条 国家鼓励和支持单位和个人从事食用菌品种选育和开发，鼓励科研单位与企业相结合选育新品种，引导企业投资选育新品种。
选育的新品种可以依法申请植物新品种权，国家保护品种权人的合法权益。
第十一条 食用菌品种选育（引进）者可自愿向全国农业技术推广服务中心申请品种认定。全国农业技术推广服务中心成立食用菌品种认定委员会，承担品种认定的技术鉴定工作。
第十二条 食用菌品种名称应当规范。具体命名规则由农业部另行规定。
第三章 菌种生产和经营
第十三条 从事菌种生产经营的单位和个人，应当取得《食用菌菌种生产经营许可证》。
仅从事栽培种经营的单位和个人，可以不办理《食用菌菌种生产经营许可证》，但经营者要具备菌种的相关知识，具有相应的菌种贮藏设备和场所，并报县级人民政府农业行政主管部门备案。
第十四条 母种和原种《食用菌菌种生产经营许可证》，由所在地县级人民政府农业行政主管部门审核，省级人民政府农业行政主管部门核发，报农业部备案。
栽培种《食用菌菌种生产经营许可证》由所在地县级人民政府农业行政主管部门核发，报省级人民政府农业行政主管部门备案。
第十五条 申请母种和原种《食用菌菌种生产经营许可证》的单位和个人，应当具备下列条件：
（一）生产经营母种注册资本100万元以上，生产经营原种注册资本50万元以上；
（二）省级人民政府农业行政主管部门考核合格的检验人员1名以上、生产技术人员2名以上；
（三）有相应的灭菌、接种、培养、贮存等设备和场所，有相应的质量检验仪器和设施。生产母种还应当有做出菇试验所需的设备和场所。
（四）生产场地环境卫生及其他条件符合农业部《食用菌菌种生产技术规程》要求。
第十六条 申请栽培种《食用菌菌种生产经营许可证》的单位和个人，应当具备下列条件：
（一）注册资本10万元以上；
（二）省级人民政府农业行政主管部门考核合格的检验人员1名以上、生产技术人员1名以上；
（三）有必要的灭菌、接种、培养、贮存等设备和场所，有必要的质量检验仪器和设施；
（四）栽培种生产场地的环境卫生及其他条件符合农业部《食用菌菌种生产技术规程》要求。
第十七条 申请《食用菌菌种生产经营许可证》，应当向县级人民政府农业行政主管部门提交下列材料：
（一）食用菌菌种生产经营许可证申请表；