年末，国民党南溪县党部书记肖昌礼到校视察，规定学生不得订阅《新华日报》等进步书刊，搜出立即焚毁，并派员到校任童子军教员，见识师生的过激行动和来往书信。此时，国民党党部在南中校的“三民主义青年团”建团工作受到进步教师抵制。
南中校童子军正式登记为：中国童子军3371团，并挂牌。
1940年
春，因避日寇飞机入川轰炸，南中校男女生疏散至城东凤翔门外文庙。
中共党员学生潘明被迫离校。
8月，南溪美伦公司经理赵如芳热心学务，慨捐法币5000元，以作南中校建筑费。
8月，张福阶任校长。
1941年
秋，经县政府同意，南中校女生部仍回原校址（中正街）办学，男生部在文庙办学。此时，南中校为一校两部、两址。
由于物价飞涨，生活艰难，南中校全体教师联名呈文请求县政府增发食米津贴。
8月，杨宗熙（国光）任校长。
1942年
2月，南中校春季招考新生，录取240名，新生注册228名（男140名，女88名）。
5月，南中校附设一年制师训班（南溪县师资培训班），开始招收1班新生50名（男35名，女15名），均系已服务3年的小学教师。
由于国民党三青团的破坏，校内存在白色恐怖。为了保存力量，中共南溪特支接受宜宾中心县委指示：暂时停止校内外活动。
组织男十六班、女十一班童志军到泸县旅行，组织男十七班童子军到宜宾旅行。
1943年
8月，经省政府批准，南中校女生部分立独办，更名为“南溪县立女子初级中学校”（俗称“县女中”）；男生部同时分立独办，仍用原校名（南溪县立初级中学校，俗称“县男中”，解放后为南溪二中、南溪职中）。
学校公演教师陈四维创作编导的新型歌剧和歌曲《长江大合唱》《法西斯的丧钟响了》《三十三年进行曲》《毕业歌》等。
8月，张仲翔任县女中校长。
1944年
县女中教师们认真研究教法，将课堂教学分为“引起动机、决定目的、概括课文、提问复习”四个过程，“上课时不单纯讲授、注入，多采用启发辅导的办法”。
1945年
9月，日寇投降，抗战结束。县女中师生上街旅行，燃放鞭炮，庆祝抗战胜利。
10月24日，蒋介石乘船经过县境，县女中师生整队前往复兴门迎接。
1947年
6月6日，县立初中教师李锦坤等15人，为70高龄尚在服务的无子女老校工黄福兴募捐。
3月，县政府举行城区各级学校论文竞赛以及球类比赛，县女中学生曾晓玉、包德敏、周正听、陈培初分获论文竞赛第一第二名，篮球、排球冠军也均为县女中获得。
1949年
王钦祖任校长。
秋季，开设8个班，学生299人。后半期，因时局不稳，人心浮动，师生流失严重。
12月7日，南溪解放。校长和4名教工备好鞭炮，开门迎接解放军。3天后，已动员学生90余名回校复课。
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