孵化鳝卵的相对密度大于水，在自然繁殖的情况下，鳝卵靠亲鳝吐出的泡沫浮于水中孵化出苗；人工孵化时，无法得到这种漂浮鳝卵的泡沫，鳝卵会沉入水底。因此，人工孵化时，可根据产卵数量选用玻璃、瓷盆、水族箱、小型网箱及孵化桶等孵化。
（1）静水孵化
水位控制在10～15厘米。一般人工授精率较低，未受精卵崩解后，易恶化水质，应及时清除。因是封闭型容器，要注意经常换水，确保水质清新，溶氧充足，换水时水温差不要超过3℃（每次换水1/2～1/3，每天换水2～3次）,胚胎发育过程中，越到后期，耗氧量越大，需增加换水次数（每天换水4～6次）。受精卵在静水孵化，管理得当，均能孵出鳝苗。
（2）滴水孵化
是在静水孵化的基础上，不断滴入新水，增加溶氧，改善水质。具体做法是：提前一天在消毒洗净的器皿底部均匀铺上一层经清水洗淘、阳光暴晒的细沙；从水龙头接出小皮管，用活动夹夹住皮管出水口，以控制水流滴度，将受精卵转移至铺有细沙的器皿中；打开水龙头，调节活动夹至适宜水滴速度。滴水速度视孵化鳝卵多少而定，若用脸瓷盆，一般为30～40滴/分钟，至第四天后调至50～60滴/分钟。总之，视水温情况调控滴水。孵化的器皿最好有溢水口，要经常倾掉部分脏水。
（3）流水孵化
于木框架中铺平筛网，浮于水面上。把鳝卵放入清水中漂洗干净。拣出杂质、污物。以筛网上均匀附有薄薄一层卵块为宜，筛网浮于水泥池中的水面上，即可孵化。将鳝卵的1/3表面露出水面。并保持微流水，水泥池一边进水，一边溢水。
若是鳝产卵较多，可用孵化桶流水孵化。孵化桶是一种专用孵化鱼苗的工具，下面底部进水，上面有网罩过滤出水，靠水的冲力把鳝卵浮在水中，水的冲力不能太大。
在孵化期间要注意观察胚胎发育情况，及时拣出死卵，冲洗掉碎卵膜等。技术得当，水温在28～30℃，经过4～5天即可出苗；水温在23～28℃，需6～8天出苗；水温在20℃左右时，需要10天左右出苗。
基底铺的细沙可防水霉病，还可帮助胚体快速出膜。因为正常的胚体在出膜前不停转动，活动剧烈，与细沙产生摩擦而加速卵膜破裂，使之早出膜。
出膜的幼苗放入大瓷盆、水族箱及小水泥池中饲养，水深10～30厘米，每天换水1/3，至卵黄囊吸收完毕，投喂煮熟的蛋黄粒或小型浮游动物，开口吃食数日后，即可放入幼苗培育池中。