孵化室的准备
按每立方米25000颗蛋的标准决定孵化室的大小，要求有换气窗；如果用红外线灯泡做热源，要求每立方米空间50w，并有自动控温调节器；地平用水泥抹底，不能渗水；底铺5厘米厚的干净细沙；放蛋前用10ppm的漂白粉冲洗墙壁和细沙，再将细沙用20ppm的KMn04浸泡，之后放水冲洗干净；最后用4ppm的气雾消毒剂消毒，关闭门窗待用。
孵化方式及孵化介质的选定
1.选用杉林或者塑料作的孵化箱，要求长55厘米，宽45厘米，深10厘米，四角有1.5厘米高的小脚，以利透气。
2.如果用沙做介质孵化，应选粒径0.5毫米~0.6毫米的于净细沙堆放在荫凉处，保持8%~12%的水分，要求用手能捏成团，放手即松开。
3.如果是无沙孵化，最好选用海绵做介质，下层用有孔的海绵托盘，上面用厚0.8厘米的轻质薄海绵。
选蛋、装框
1.将待孵化的甲鱼蛋进行挑选，剔除不受精蛋，畸形蛋、生命线不齐的蛋，因太干、太潮引起胚胎坏死的花蛋。
2.将挑选过的甲鱼蛋按17×20颗纵横排列均匀，要求带白色的动物极全部朝上。如果是用沙做介质，则在箱底平铺3厘米~4厘米厚的细沙，然后在蛋上覆盖细沙厚约1厘米~2厘米；如果是用海绵做介质，则在箱底放上专用的镂空的海绵。然后将已在水中消过毒的薄海绵用手拧干，轻轻平铺在蛋上；
3.将已装过蛋的箱交错叠起，码高10层~12层，每幢之间相距20厘米左右，以利空气流通。
日常管理
1.温度调控，最好是恒温，要求
32±1℃。
2.湿度调控，如果细沙太干。就用喷雾气喷湿，注意箱体也要喷潮；海绵则放在水中拧干后再铺上。
3.翻箱，每隔5天~6天将上层的箱换在下层，下层的搬至上层，同时将坏死的臭蛋及时剔除。
4.每天上午开窗换气半小时，但不要使温度降幅超过1℃。
5.在孵化出壳时，要在水中泼10ppm的KMnO4，一方面有利于小甲鱼脐带的收口，另一方面还可防病。
小甲鱼出室
将头天孵出的小甲鱼抓起后，用2ppm的种苗净消毒后集中放养在暂养池中1天~2天，进行练苗，然后大小分级才可放养至温室或池塘中。
以上措施如果调控得当，甲鱼孵化率可达95%以上，且孵出的苗健壮，不易患病，为日后的养殖打下牢固的基础。