但是，肉眼检查泥鳅疾病往往局限于症状较明显及大型寄生虫类泥鳅疾病。对症状不明显和小型寄生虫引起的泥鳅疾病，不借助显微镜则检查辨别较难，需要依靠显微镜帮助诊断。用显微镜或解剖镜来检查泥鳅疾病，简称镜检。镜检一般用来检查肉眼不能看到的泥鳅发病症状。镜检先要用目检来确定病变部位，而后再进一步用显微镜来做全面检查。镜检的取材方法和步骤与目检相似，由表入里地检查，具体方法如下。
.玻片法适用于观察鳃小片上的各种寄生虫、甲壳动物眼球等组织器官。如复口吸虫幼囊多数寄生在白鲢眼球里，嗜子宫线虫多数寄生于鲤泥鳅鳞片的夹层。方法：用小剪刀剪取一小块鳃组织放在玻片上，滴入适量蒸馏水，盖上玻片，放在显微镜下检查即可。
.载玻片法主要检查原生动物（如小瓜虫、车轮虫、鳃隐鞭虫等）、细菌、真菌病原体。方法：用解剖刀刮取病泥鳅体表少许黏液或剪一小块病泥鳅的组织，直接放在载玻片上进行观察，但要注意取组织量不能太多，载玻片和外部器官上的用水一定要用蒸馏水或冷开水，以防病菌混淆或看不清。内部器官一律采用0. 567%.0. 6%或0.8%的生理盐水。要先用低倍镜观察，目镜8或10x物镜10或15,再用高倍镜观察，即目镜10×物镜20或60.
采用镜检常可发现车轮虫、斜管虫、杯体虫、小瓜虫、毛管虫、黏孢子虫、指环虫和血吸虫卵等，有时也能观察到霉菌、杆菌等。
.玻片压缩法该玻片是一种较厚的长方形普通玻片，比载玻片要大些，适用于解剖镜下检查一些较大的病原体，如蠕虫类。方法：先将被检查组织直接放在玻片上，再选用比它稍小一点的玻片，并轻轻挤压，目的是把组织压开、压碎，这样才能进行观察，仔细分析病原体。
总之，借助镜检诊断泥鳅疾病，对泥鳅体检查应按次序进行。检查一尾泥鳅时的次序通常为：测体长、体高，称体重，再依次检查各个部位及组织，即黏液、体表、鳍、鼻腔、眼、脑、骨髓、口腔、鳃，肌肉、脂肪组织、血液、消化道（包括胃、肠、盲肠）、肝、脾、胆囊、心脏、鳔、肾、膀胱、性腺。
另外，对比较难以诊断的泥鳅疾病，可采用化验血液的方法诊断效果更准确。通常泥鳅患病后，血液中的红细胞、血红色素的数量和白细胞等都会发生变化。例如，二龄健康的泥鳅在200个白细胞中，要有1个嗜中性白细胞，有的会更少，甚至没有；但患了病后，可能增加到10 --14个，疾病后半期，单核白细胞和多形核白细胞数量及血红素比健康泥鳅降低1/3.又如健康的泥鳅，血红素平均为45. 8%,红细胞平均为243万/毫米3,患黑斑病后，血红素为43.7%,红细胞为226万/毫米3,单核白细胞也急剧地增多。由此可见，化验泥鳅的血液有助诊断泥鳅疾病。
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