随着2006年农业税的取消，农村发生了很多的变化，比如越来越如阎云翔所说的“原子化”与“个体化”，究其原因，主要是因为基层干部与群众的联系减少所致。然而，种种政策的变革与农村自身的发展（可以用几千年未有之大变局来形容当前的农村转型），会带来对农村直接的影响。有学者断言，当前中国三农问题研究已经陷入到“终结”的危机当中，换而言之，就是已经没有什么“搞头”，笔者不敢苟同。窃以为，伴随着城市化的推进，农村现在的主要问题主要集中在以下几个方面：
第一，农村的土地流转问题。“谁来种地”是目前讨论的比较热的一个话题，主要是因为城市化的进程过程中，大量的农村劳动力转入城镇当中，而“老人农业”日渐衰退，他们甚至直接抛荒。笔者在调查H省的一个地方发现，在还未有“大户”入驻之前，农村的土地呈现出两种发展模式：一个是转租给他者，多半是“相好的”或者“亲戚”。之所以是这些人的主要原因在于，信任感。当“我”不想在城市了，还可以回去收回土地，有一个保障机制在其中，往往他们处于彼此的信任而不签订合同，而且转租的费用也较市场低。但是，并不是说，在其他的地方就如此。如今的土地私有权与继续集体所有制争执不下，到底该如何保障农民的土地权益，是未来的一个争论焦点。
第二，农村的扶贫问题。7000万的农村贫困户，到底该如何帮助他们脱贫致富？这是当前摆在学界和政界的一个难题。有的地方，直接打出“要致富，先立志”的标语，鼓励当地农民有志气把自己“搞的富起来”。关键是，没有资源和渠道，怎么富？有的地方直接采取“一帮五”的策略，即但凡党员干部，无论收入多少，都去帮助他们脱贫，采取的是自己直接输血的方式，长期来看，并不是个好办法，反而可能造成党员干部一起贫困。为了不得罪领导，完成指标的如此扶贫方式，是不可取的。扶贫问题的重点在于，引入资源和技术，转变农民观念，比如有“互联网+”思维，由此在富农治村的背景下，一起富裕。笔者还通过调查发现，有的地方直接培育农民组织，这样大家互帮脱贫，前提是需要有一个得力的组织者。
第三，农村的政治问题。乡村政治主要从两个方面来看，一个是乡村选举问题，一个是政治冲突问题。前者往往在上个世纪80、90年代就开始被学界注意，比如张厚安等人，在基层进行村民自治的实验。如今的乡村选举陷入到一个瘫痪的地步，有的地方找不到合适的人选来当村干部，且有的地方，直接无人愿意干这个“吃亏不讨好”的事情。伴随着农业税的取消，“油水”等可以捞到的外快减少，而且稍不注意，还容易得罪农民，故而无人愿意。选举当中，也存在贿赂等现象，学界有人建议，一方面，村民自治的落实才是唯一的出路，另外一方面，赋予农民的公民身份对待，以此来解决他们的维权和使用权利的困境问题。同样，冲突的政治往往并不是选举而引发，而是利益纠纷。往往多半的集体上访、群体性事件等都是利益的冲突演化为政治的冲突，但是农民依然还是在诉求利益，而不是权力。
第四，农村的社会保障问题。第二次医疗合作给农民了一定实惠，但是大病依然是“等死”或者“自己想办法”（自杀），这是当前农村的医疗保障发展不力所导致的。农民最害怕的消费，主要是三个方面：第一，医疗费用；第二，教育费用；第三，人情费用。所以，如果看病贵，看不起病，那么无疑会导致农民的生命得不到保障，并且还可能导致家庭的入贫。同样，教育费用如果不下来，那么一个家庭从小学到大学毕业所花费的10多万，于农民而言，是很大的一笔数字。还有人情越来越高，有的直接“赶”到500-1000不等，这是农村现在很大的一个风俗转变。这些都给农村家庭造成了负担。还有农村的养老，如今多半采取的是“子女养老”，这也是农村的一个几千年的传统，但是“子女养老”与“家庭养老”真的可靠吗？在城市化的今天，他们不但不能养老，还不得不帮助子女看管孩子和照顾家庭，甚至继续从事体力劳动。
第五，农村的留守儿童问题。农村留守儿童，特别是类如毕节地区的灾难，让人深思。他们往往是因为父母去城市打工，但是又因为户口、生活成本等得不到解决，从而很难跟随父母一起去城市里生活，入学。在农村，他们多半与爷爷奶奶等亲戚一起生活，一方面，有人照看，父母也放心，另外一方面，开销小。比如农村的上学费用等就相对较低。那么，问题也就来了，当缺少父母监管和爱的留守儿童成为问题的时候，我们万万没有想到的是，不仅仅是他们是否能够成才，更是担忧他们的生命保障。
第六、农村生态安全问题。生态安全这几年提的比较多，特别是媒体的大肆报道，让人们越来越关注农村的公共卫生安全。一方面，对于饮水、呼吸等都有影响，另外一方面，容易造成土地的板结，不利于循环使用。由此，农村生态安全危机造成了农村的生活垃圾，污水到处都是。这与新农村建设的目标是背道而驰的。