一、投入不足。政府性投入与现代畜牧业发展要求不相适应。国家和省在投入政策上，重安全、轻发展，重生猪、轻草畜，重直管县、轻市辖区。除生猪调出大县元坝外，其余的利州区、朝天区和不是省扩权县的青川，2012年几乎没有畜牧发展项目。目前，我市突破性发展的剑门关土鸡基本没有项目投入。
二、科技支撑不够。乡镇畜牧兽医站平均不到3人，肩负动物防疫、生产发展、动物卫生监督和畜产品质量安全日常监管的重任，在畜牧发展方面显得难以顾及、人力不够。畜牧兽医技术服务市场主体缺位，专业合作社中管理和技术人才匮乏。农民兼业化、农村空心化日益突出。急需的专业养殖劳动力、现代畜牧业职业农民严重缺乏。农村中，妇孺老年人占70%以上，文化程度低，新生代农民普遍不愿意从事养殖业。
三、养殖风险大。畜牧业面临“市场、疫病和自然”三重风险，畜牧业生产者利益难以保障。政策性农业保险仅开展母猪和育肥猪保险，并且保险赔付额远远低于养殖成本。今年以来，生猪价格持续下跌，猪粮比价长时间处于盈亏平衡点以下，养殖场户严重亏损。特别是受H7N9亚型禽流感影响，我市家禽市场跌入冰点，养殖户损失惨重，形势异常严峻。
四、畜牧龙头带动力弱。畜产品加工企业生产水平低，处于初级加工层面，初级产品外销市场萎缩，只能做本地鲜销。养殖、饲料龙头企业带动能力不强，农民专合组织还处于发展的初级阶段，两个带动作用不明显。
五、养殖污染处理成本高。受环境消纳能力制约，污染处理设施投入及运行成本高，需要大量的配套投入。
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