尽管日本渔业在全球渔业产业中举足轻重，但近年来其逐渐衰退也是一个不争的事实。由于过度开发，日本沿海海藻场面积在过去20年间减少了30%，渔场面积随之缩小，海洋鱼类资源也在急剧减少。另一方面，进口大量增加导致日本国内市场水产品价格下跌，渔业人口日趋老龄化，这都使得日本渔业生产能力大幅下降。
日本政府已经意识到这一问题。日本农林水产省于2008年4月颁布实施了第二个5年（2007.4~2012.3）“水产基本计划”，并确立了此后10年（2007.4~2017.3）全国渔业发展目标，其主要思路是在确保渔业资源可持续利用的基础上增加生产量，在确保国民水产品人均消费量前提下提高自给率。
但突如其来的大地震，特别是引发的海啸和核辐射污染，很可能进一步降低渔业产值在整个日本GDP中所占的比重，使整个日本渔业衰退雪上加霜，过去数年日本为改变自身渔业不利局面所做出的努力，恐怕也将付诸东流。