二级动物列表
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哺乳类
短尾猴、猕猴、藏酋猴、穿山甲、豺黑熊、小熊猫、石貂、黄喉貂水獭 、小爪水獭、斑林狸、大灵猫、小灵猫、草原斑猫、荒漠猫、丛林猫、猞猁、兔狲、金猫、渔猫、河麂、马鹿（包括白臀鹿）、水鹿驼、鹿斑羚、藏原羚、鹅喉羚、鬣羚、黄羊盘羊、岩羊海南兔、雪兔、塔里木兔、巨松鼠、鳍足目（所有种）、鲸目（除一类外其它鲸类)、草原狼、吡啶兽
爬行类
平胸龟、三线闭壳龟、绿海龟、凹甲陆龟、云南闭壳龟、嫡龟、大壁虎、山瑞鳖、地龟、太平洋丽龟、玳瑁、棱皮龟
两栖类
贵州疣螈、大凉疣螈、细痣疣螈、镇海疣螈、细瘰疣螈、虎纹蛙
鱼类
江 豚
黄唇鱼、松江鲈鱼、克氏海马鱼、胭脂鱼、唐鱼、金线鲃、大理裂腹鱼、花鳗鲡、川陕哲罗鲑、秦岭细鳞鲑、文昌鱼、大白鲨、鲸鲨
鸟类
国家二级保护动物--鹰
国家二级保护动物--鹰(6张)
角䴙䴘、赤颈䴙䴘、鹈鹕（所有种）、鲣鸟（所有种）、海鸬鹚、岩鹭、海南虎斑鳽、小苇鳽、彩鹳、白鹮、白琵鹭、黑脸琵鹭、红胸黑雁、白额雁、天鹅（所有种） 、隼科（所有种） 、鹰科（除一类外其它鹰类）、黑琴鸡、柳雷鸟、岩雷鸟、雪鸡血雉、红腹角雉、藏马鸡、蓝马鸡、原鸡勺鸡、白冠长尾雉锦鸡（所有种） 、灰鹤、蓑羽鹤、长脚秧鸡、姬田鸡、棕背田鸡、花田鸡、小青脚鹬、灰燕鸻、小鸥、黑浮鸥、黄嘴河燕鸥、黑腹沙鸡绿鸠（所有种） 、黑颏果鸠皇鸠（所有种） 、斑尾林鸽、鸦鹃（所有种） 、鸮形目（所有种）、灰喉针尾雨燕、凤头雨燕、橙胸咬鹃、黑胸蜂虎、绿喉蜂虎、犀鸟科、白腹黑啄木鸟、阔嘴鸟、鹤嘴翠鸟、鹦鹉科（所有种）、小杓鹬、白枕鹤、花尾榛鸡、黄嘴白鹭、彩鹮白鹇、黑颈鸬鹚、八色鸫科（所有种） 、黑鹮、蓝耳翠鸟、鹃鸠（所有种） 、黑嘴端凤头燕鸥、铜翅水雉、沙丘鹤、黑鹇、镰翅鸡、鸳鸯、蛇雕。
无脊椎动物
虎斑宝贝、冠螺、大珠母贝、佛耳丽蚌、伟铗叭、尖板曦箭蜓、宽纹北箭蜓、中华缺翅虫、墨脱缺翅虫、拉步甲、硕步甲、彩臂金龟（所有种）、叉犀金龟、双尾褐凤蝶、三尾褐凤蝶、中华虎凤蝶、阿波罗绢蝶