小龙虾常见的疾病可分为病毒性疾病、细菌性疾病、真菌性疾病与固着类纤毛虫病等。
白斑综合症
病原 白斑综合症病毒（Whitespotsyndromevirus，WSSV）。WSSV为有囊膜的杆状病毒。
主要症状该病发病急，死亡率高。虾患病初期停止摄食，随后有濒死虾在池塘边的水面上游动，其表皮具圆形的白色颗粒或白斑。
注意事项①外界环境应激如高pH或细菌病也可能导致虾甲壳上出现白斑；②确诊患病毒病时不得使用强刺激性药物；③饲养活动应以避免小龙虾产生应激为原则。
固着类纤毛虫病
病原由聚缩虫、累枝虫、钟形虫等固着类纤毛虫寄生引起。
主要症状患病虾行动迟缓，食欲下降，乃至停食。固着类纤毛虫在虾体大量寄生后，肉眼即可看见一层灰白色、浅绿色的绒毛状物，全身粘满污物，妨碍虾的活动、摄食、脱壳，影响虾的生长。患病严重时，会影响克氏原螯虾的呼吸而造成大量死亡。固着类纤毛虫常寄生于克氏原螯虾的体表、附肢、鳃等处。
固着类纤毛虫常与丝状藻类或其它原生动物共存，在虫体之间还粘附一些单细胞藻类、有机碎屑和污泥等，从而使寄生部位发生色泽变化，如变为黑色俗称为“黑鳃”，这与鳃部附着的污物颜色有关。
注意事项①克氏原螯虾脱壳期间禁止使用药物全池泼洒；②如克氏原螯虾体表有大量的丝状藻类附着时，可在用“硫酸锌粉”全池泼洒前，先用一次“苯扎溴铵溶液”全池泼洒；③为预防细菌性疾病感染，建议在泼洒“硫酸锌粉”后全池泼洒1次“底立爽”或“中博高”。
偷死症
主要症状表现为小龙虾爬于岸边、活动迟缓、螯足无力、停止摄食等，俗称为“偷死”。
病原据报道，该病的病原有副溶血弧菌（Vibrioparahaemolyticus）、嗜水气单胞菌(Aeromonashydrophila)、弗氏柠檬酸杆菌(Citrobacterfreundii)等。
主要症状副溶血弧菌引起的主要症状为：病虾螯足无力，行动迟缓，甲壳外观无白斑也无其它症状，病程发展快，几天内即大量死亡。解剖可见肝胰脏肿大，顔色变深，甚至坏死；空胃，肠有拥堵、顔色分节现象。
弗氏柠檬酸杆菌引起的主要症状为：病虾不摄食，螯足无力，行动迟缓，应激能力较弱；部分个体体表变黑，甲壳内壁无白斑及其他明显症状；解剖可见肝胰脏顔色淡黄，肠道内无食。
嗜水气单胞菌引起的主要症状为：开始发病时，病虾螯足无力，行动迟缓，甲壳内壁无白斑及其他明显症状；解剖可见肝胰脏肿大，肠道内无食。发病初期死亡率不高，死亡数量逐渐提高，高峰期死亡率高达40%。
注意事项①该病多发生在5月左右，也常与固着类纤毛虫病并发；②副溶血弧菌引起的小龙虾患病其主要原因是投喂冰鲜海水杂鱼；③治愈后，为防止病情反复，建议全池泼洒药物以改良水质和底质。
鳌虾瘟
病原丝囊霉菌属的变形藻丝囊霉（Aphanomycesastaci），又称龙虾瘟疫真菌。主要症状鳌虾瘟（Crayfishplague）是危害小龙虾的高度传染病，实验条件下可感染中华绒螯蟹。患鳌虾瘟的病虾主要表现为失去正常的厌光性，如白天在开阔水域可见到病虾，有些运动完全失调，背朝下且不易纠正其姿态。临床表现，患病鳌虾在薄表皮透明区域下面的局部肌肉组织，特别是前腹部和足关节处初期会变白，并经常伴随局部的褐色黑化，这是最常见的症状。
注意事项治疗时或治愈后须注意使用氧化类改水剂等消除养殖水体的有机污物。