飼料的殘渣極易造成養殖水體污染，從而影響甲魚，同時水體污染易使病原微生物滋生，使甲魚患病。
目前已有報道的水產益生菌有乳酸菌屬、雙歧桿菌屬、弧菌屬、假單胞菌屬、芽孢桿菌、硝化菌、光合菌等。這些益生菌以作為飼料添加劑應用于甲魚養殖中，能減少飼料中激素殘留對甲魚造成的傷害，在提高飼料轉化率的同時也為甲魚的生長繁殖提供了豐富的營養，避免了因飼料新鮮度不夠而引起的一系列甲魚疾病感染問題，起到很好的防治疾病和增進健康的作用。實驗證實益生菌在甲魚體內主要作用為：
、生物拮抗作用 由于有效微生物的存在，造成了致病微生物的不利生存環境，即可競爭性地域病原爭奪空間和有限的營養物質欲生態位點，從而抵制病微生物的生長和繁殖。
、增加機體的免疫功能 研究表明：乳酸桿菌以某種免疫調節因子的形式起作用，刺激腸道某局部型免疫反應，提高機體抗體水平或巨噬細胞的活性，增強機體免疫功能。
、 產生殺菌和抑菌物質 有益微生物和乳酸桿菌產生的乳酸可降低腸道ＰＨ值，抑制病菌生長，激活酸性蛋白酶及活性，對幼鱉的生長是有利的，乳糖菌素，桿菌肽，可抑制病原菌的生長。
、 提供酶類及維生素等營養物質，參與機體的新陳代謝，促進動物生長。
、防止某些有害物質的產生，中和、分解有害物質和腐敗物質，起到凈化環境的作用。降低血液及糞便中有害氣體。
、 可降低水中溶解有機物的含量，改善溶氧和水質環境。
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