浮游藻类在水体中是鱼类和其他经济动物直接或间接的饵料基础，是水域的低级出产者，也是水中溶解氧的主要来源。通常根据藻类被鱼类消化、利用的程度以及对养殖动物造成的危害分为：有益藻类和有害藻类，其中蓝藻门的微囊藻就是被泛博水产养殖者公认的有害藻类之一。
微囊藻多生长在有机质丰硕的水体中，营浮游糊口，pH值以8～9.5为宜。暖和季节水温在28～32℃时繁殖快，生长旺盛，经常形成水华，肉眼可见，使水体呈灰绿色，其浮膜似铜绿色油漆，有臭味。当养殖池塘中微囊藻形成水华时，夜间大量消耗水中的溶解氧，并产生过量二氧化碳，很轻易造成池塘缺氧泛池。同时微囊藻死亡后分解产生的羟氨和硫化氢对水生动物有毒，可使鱼、贝类等死亡。微囊藻产生的根本原因是因为水质过肥，有机质含量过高。微囊藻繁殖迅速，一旦形成上风，管理比较难题，单一用药效果不理想，治标不治本，同时过量用药也会造成养殖动物药物中毒，一般不提倡。因此预防微囊藻的产生尤显重要，应从以下几方面入手：
1.把好水源关，池塘防止引进含有大量微囊藻的水。
2.对于发生过微囊藻水华的池塘，放养苗种前应进行严格清塘消毒，进水后选择含磷、硅、钙、微生态制剂等成分的复合肥培养有益藻类，有益藻类形成上风后可按捺微囊藻的繁殖。
3. 晴天中午排放表层水，加入新水，科学投饵，降低有机物含量。
4.可适当投放一定数目的罗非鱼，摄食微囊藻。
5.按期使用微生态制剂如：枯草芽孢杆菌、EM菌、光合菌等，按捺微囊藻的大量繁殖。
6.越冬的池塘，秋末适当施用有机肥促进鞭毛藻类繁殖，冬天留意及时扫雪、施肥，保持池塘中藻类的数目，一直到春天，可有效按捺微囊藻的繁殖。