消毒不彻底
一般情况下畜牧场的消毒方法有3种，即带畜(喷雾)消毒、饮水消毒和环境消毒。这3种消毒方法可分别切断不同病源的传播途径，相互不能代替。
带畜消毒：可杀灭空气中、畜体表面、地面及屋顶墙壁等处的病原体，对预防呼吸道疾病及控制飞沫、气流传播疾病有重要意义，还具有降低舍内氨气浓度和防暑降温的作用；常见的误区是根据畜体或设备的表面是否可见消毒液判定消毒操作的成败，而不是根据雾滴在舍内的悬浮时间，所选择消毒药杀灭病毒、细菌的有效时间来判定。
饮水消毒：可杀灭畜禽饮用水中的病原体并净化肠道，对预防消化道病有积极意义；常见误区是为了保证畜群没有腹泻，持续饮用消毒药，对消毒药饮水时的酸碱度很好的关注，以致于伤害到动物体内正常的微生物群。一般情况下，偏酸性环境对动物的生长发育及饲料的消化吸收有积极作用。
环境消毒：包括对畜牧场地面、门口过道及运输车等的消毒；常见的误区是不能正确地更换消毒药，出现酸碱中和的问题；冬季时伺未能考虑环境温度对消毒药消毒效果的影响因素而随意更换消毒药。
消毒液选择不当
选择消毒药时不是针对畜牧场面临问题的目标病原，而是过多地考虑成本因素，选择一些炒作概念、同药异名、价格低廉的消毒药。
忽视了影响消毒的因素
选择消毒药时未考虑消毒药对环境温度、相对湿度、有机物污染程度的要求，在寒冷的冬季选择了低温下无或很低消毒作用的火碱，在干燥、低温条件下使用福尔马林熏蒸消毒等错误做法，不可能获得消毒效果的。
温度：一般情况下，消毒液温度高，消毒效果可加大。实验证明，消毒液温度每提高10 ～12 摄氏度。杀菌效力增加1倍。另外，在熏蒸消毒时，需将舍温提高到20摄氏度以上，才有较好的效果， 否则效果不佳。
湿度：很多消毒措施(气体消毒)对湿度的要求较高，如熏蒸消毒时需将舍内湿度提高到60 %～70 %，才有效果；生石灰单独用于消毒是无效的，需洒上水或制成石灰乳等。
污物或残料：灰尘、残料( 如蛋白质) 等都会影响消毒效果，尤其在进雏前消毒育雏用具时，一定要先清洗再消毒，不能清洗消毒一步完成，否则污物或残料会严重影响消毒效果，使消毒不彻底。
消毒液的浓度和剂量不准确
消毒液浓度并不是越高越好。浓度过高一是浪费，二会腐蚀设备，三还可能对畜群造成危害。另外，有些消毒药浓度过高反而会使消毒效果下降。消毒液用量方面，在喷雾消毒时按每立方米空间30毫升为宜，太大会导致舍内过湿，用量小又达不到消毒效果。
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