消毒：杜绝污染源并确保猪群健康的一项重要措施，任何猪场都应该重视，通常可分预防性消毒和疫源性消毒。前者是指没有发生传染病时，对畜舍、用具、场地、饮水等进行消毒，后者是发生污染病时及发生传染病后，为控制病原的扩散对已造成污染的环境、畜舍、饲料、饮水、用具、场地及其他物品进行全面完全的消毒。
消毒的方法：第一步应进行机械性清扫，第二步用化学消毒液消毒。
机械性清扫是通过清扫、冲洗、洗刷等一系列搞好畜舍环境卫生方法。此方法可使畜舍微生物污染水平大大下降。清扫和冲洗后再用化学药物进行消毒，可达到预期消毒目的
消毒药的选择与使用：
1. 消毒剂的选择应该是真正确切的广谱杀菌（包括细菌病毒、真菌、芽胞）必需无毒、使用平安（无危险性）猪场条件下必须有效。
病原与消毒剂之间是相互作用的最强的病原必须使用特定的消毒剂，强及中等病原必须使用消毒剂，弱的病原只要干燥，发酵，甚至日光即可杀灭，但由于集约化猪场中猪舍密度太高，空气中的病原在未死亡前即有机会感染其它猪只，因而仍得使用喷雾消毒来降低空气中的病原数量。
最强病原：能产生芽胞的细菌如炭疽杆菌，梭状芽胞杆菌等。
强病原：如化脓性链球菌、金黄色葡萄球菌，结核分枝杆菌，猪水泡病病毒。
中等病原：如大肠杆菌、丹毒杆菌、猪瘟病毒。
弱抵抗力病原：巴氏杆菌、嗜血杆菌、放线杆菌、霉形体等。
消毒剂的选择：应选用效力强、速度快、效果广泛，低温、低浓度下仍然有效，作用耐久，不易受有机物、盐类影响，渗透性强，不易受酸碱度影响，可消毒污物且能抑臭，毒性低、不污染水源及环境，腐蚀性小，对人、畜体毒性低，同时考虑价格。但没有任何一种消毒药能满足上述所有条件，必需选用几种消毒药，不同场所使用及轮流使用不同消毒剂，以达到消灭病原体的目的