猪的呼吸系统有三道防线：第一道鼻腔粘膜和鼻胛骨，第二道呼吸道粘膜纤毛系统，第三道肺泡巨噬细胞。
第一道防线主要由鼻腔粘膜负责，通过鼻胛骨的涡卷使吸入的空气发生乱流从而粘附大颗粒的异物。猪的鼻子和嘴巴的天然布局，造成在采食的时候容易将料等颗粒性异物吸入鼻腔，这时鼻腔的内部结构防止或减少异物的进一步深入，同时分娩 IgA 发生粘膜免疫，构成猪防御体系的第一道防线。
第二道防线的主要构成是气管、支气管内壁的纤毛系统。纤毛的功能是分泌粘液及随着呼吸节律来回摆动，粘液粘液可粘附空气中灰尘，杀菌，同时湿润空气，所粘附的异物在纤毛的摆动下向喉头部位移动，从而把一些小异物排出体外。
第三道防线主要是肺泡巨噬细胞系统及由淋巴细胞主导的主动免疫系统，同时也是一些病毒（伪狂犬、猪流感、蓝耳病、圆环病毒等）增值场所。
因此，建立和保护好猪呼吸系统的三道防线就是预防和控制好猪呼吸道综合征的关键。
对第一道防线造成构成最大威胁的猪萎缩性鼻炎（简称萎鼻）萎鼻是由波氏杆菌和巴式杆菌共同造成的两种细菌同时存在具有相成作用，让萎缩性鼻炎更加严重。严重的萎缩性鼻炎会出现鼻胛骨萎缩、歪鼻子、流鼻血、呼吸不畅，继而增加呼吸道病原感染的机会。萎缩性鼻炎更严重的损失是看不见的亚临床，并没有严重的萎鼻临床症状，看到只有轻微的泪斑，或听到猪鼻腔不太明显的喷嚏，但是对猪生产性能的影响非常大，类似于气喘病。
对第二道防线构成最大威胁的疾病首推气喘病，支原体会破坏支气管纤毛系统，会抑制纤毛摆动，造成纤毛萎缩甚至脱落，丧失甩动粘液的功能，或纤毛脱落无粘液分泌，使第二道防线崩溃，很多病原 便可在此扎根或或顺利通过达到肺部，造成第三道防线压力过大甚至崩溃。
对第三道防线攻击性最大的猪流感病毒和蓝耳病病毒。猪流感病毒感染了猪肺泡巨噬细胞后，细胞内增值，细胞破裂后转移到其他部位，最后蔓延全身，造成机体抗病力下降。蓝耳病毒对猪肺泡巨噬细胞的感染类似猪流感病毒，但是对机体造成的免疫抑制远大于猪流感。
对这三大防线构成威胁的疾病已阐述，对这些疾病的预防，可根据各猪场的感染情况决定，偏重消毒还是用疫苗或是药物保健。