目标原则
在免疫疫苗之前，要明确接种该疫苗要达到什么目标？
保护胎儿：后备猪配种前4-8周免疫二次，经产母猪配种前4周免疫，让疫苗抗体保护怀孕全程，如细小、乙脑等。
保护哺乳仔猪：产前4周跟胎免疫，高水平母源抗体保护哺乳仔猪，如大肠杆菌疫苗和链球苗；产前40天免疫病毒性腹泻活苗，产前20天免疫病毒腹泻灭活苗，能有效控制病毒性腹泻的发生。
保护母猪、胎儿、仔猪：如伪狂犬、猪瘟及口蹄疫疫苗可普免3-4次/年，使母猪怀孕前期、中期、后期及哺乳各阶段都有较高抗体，达到同时能保护母猪、胎儿、仔猪目标。普免疫苗要求：安全性要高（毒力小、应激小），对胎儿安全 。
保护仔猪直到出栏：在母源抗体合格率降到65-70%时进行首免，首免4周后加强免疫，达到保护育肥猪到出栏的目标，如仔猪免疫猪瘟、伪狂犬病、蓝耳病、圆环病毒病、口蹄疫等疫苗免疫。
保护未发病的同群猪：如猪瘟、伪狂犬病发病时全群紧急免疫。实行紧急免疫的疫苗一般要满足3个条件：迅速产生免疫保护，一般选用弱毒苗，并且加大剂量 ；安全性高：应激小、毒力弱 ；同源毒株或交叉保护毒株 。蓝耳病疫苗毒力较主高，产生抗体较慢，不适宜用于紧急免疫，实施紧急免疫可能会造成发病率与死亡率急剧增加。
地域性与个性结合原则
不同地区、不同猪场的疾病情况不同，免疫疫苗种类和免疫程序都有很大差异，所以不同猪场免疫程序具有个性化，因地制宜，制定适合自己的猪场的免疫程序。
强制性原则
口蹄疫和猪瘟被OIE列为A 类动物疫病，我国列为一类动物疫病，蓝耳病被OIE列为B类动物疫病，这些疾病一旦发生可能造成非常大损失，所以预防这些烈性传染病必须按国家要求进行强制免疫。
病毒有限原则
基础免疫：猪瘟、伪狂犬病、口蹄疫的免疫必须放在最优先考虑免疫，因为这些病发生关系到猪场生死存亡。
关键免疫：因蓝耳病和圆环病毒病引起免疫抑制会导致严重的混合感染，可能造成重大损失，做好该两病免疫非常关键。
重点免疫：为了保护胎儿，母猪重点免疫好乙脑和细小病毒苗；为了预防哺乳仔猪腹泻，产前母猪重点免疫好病毒性腹泻苗；为了预防育肥猪呼吸道综合征，仔猪重点免疫好肺炎支原体苗。
选择免疫：链球菌病、猪丹毒、猪肺疫、大肠杆菌病、副猪嗜血杆菌病，可根据猪场具体发病情况进行选择性免疫。
经济型原则
圆环病毒病、支原体肺炎、传染性萎缩性鼻炎等病，感染后发病后会严重影响生长速度、耗料增加，造成较大经济损失，应根据猪场损失情况计算投入产出比，选择合适疫苗进行科学免疫，一般在首次感染前4周或野毒抗体转阳前4周免疫，必要时间隔4周后加强免疫；
试验表明：圆毕净试验组比空白对照组料肉比降低0.19，每头猪可多收入76元。
季节性原则
有些疾病发生具有季节性，一般在该病流行季节前4周免疫。
蚊虫大量繁殖的夏季前种猪4周（3月份）免疫乙脑苗
高温多湿的夏季（4-9月份）要特别重视链球菌、猪肺疫、猪丹毒免疫。
寒冷冬春季节（10月份到来年4月份）需要加强口蹄疫和病毒性腹泻免疫。采用普免的猪场在每年9月份普免，可考虑在10月份加强1次，尤其强调在来年1月再次加强免疫，否则冷湿天气到来的2-3月份就特别容易发病。