冬季低温潮湿的环境有利于很多病原微生物的增殖，容易导致疫病的发生。因此做好消毒措施，消灭外界环境中的病原微生物，斩断疫病的传播途径，也是冬季猪舍环境控制中的重要一环。
1、猪舍消毒：冬季猪舍环境密闭，灰尘、有害气体等各种污染物悬浮在空气中，适于病原微生物的滋生，容易引起疫病的发生。因而，要加强猪舍的定期消毒，及时消灭猪舍中的病原微生菌。具体在进行消毒前，要先清理猪舍内粪尿，可选择过硫酸氢钾复合物、二氧化氯、百毒杀等无刺激性气味的消毒药物。
2、环境消毒与进场控制：目的在于保证场内的大小路径、交通要道和圈前圈后的生物安全。可利用0.2%--0.3%的过氧乙酸或2%的火碱进行高压喷雾消毒，一般情况下消毒频率设置在2次／月。为了保证全场的生物安全，还要注意进场的控制。要尽量减少场外人员进入生产区，物品、人员的进出必须采取消毒措施。在规模较小的猪场，要杜绝兽药、饲料推销员、猪贩等直接进入猪舍。
3、消毒池消毒：场内的各种消毒池使用2%－3%的火碱，每过3－4天更换1次，要注意保持池内消毒液处于适理水平。此外，为了预防种猪群的蹄病，池内还可用1：80的消毒威，亦可二者交互使用。