有的农户用病猪住过的猪圈再养猪，结果猪再次发病，甚至死亡，损失严峻。为此，必需将圈舍消毒后再养猪。消毒方法如下：
猪舍消毒
先将圈舍清扫干净，再用20%的石灰乳或3%的热烧碱水、20%的漂白粉进行消毒。消毒的次序为墙壁、圈栏、门窗、食槽、地面、器具及门口地面。消毒药水可用扫帚涂刷，最好用喷雾器喷洒。消毒完毕，猪圈设有门窗的应封闭2小时~3小时再打开，同时将食槽及地面用净水冲刷干净。
泥土消毒
土壤地面应先清除粪便、垫草等污物，然后再将上面的一层土壤铲除，最后用20%的漂白粉或20%的石灰乳、3%热烧碱水浇洒。
粪便及污水消毒
少量的粪便、垫草等可以深埋。粪便的数目假如较多，可用发酵法来消毒。方法是在离猪舍稍远的地方挖一浅沟，深约40厘米，宽约2米，长度视粪便多少而定。底部先铺健康猪粪一层，然后将病猪粪堆上，在病猪粪上边再盖一层健康猪粪及杂草，最后用稀泥密封。病猪粪很稀时，可添加干土或干碎草，太干时可加入适量水，使其迅速发酵。夏秋约1个月，冬春约2个月，即可达到消毒的目的。
病猪舍的污水，数目较少时可浇在粪便内一起发酵消毒；数目良多时可在污水总量中加入2%的生石灰粉或0.2%的漂白粉进行消毒。