纯种选育也称本品种选育。指在牛的品种内，通过选种、选配和培育不时提高牛群质量及其生产性能的方法。国外许多肉牛品种和国内众多的地方黄牛晶种，都是通过该方法培育而成的已有的肉牛品种仍然需要继续实行纯种选育制度，以增加肉牛生产效益。肉牛业中，仍需依赖于纯种繁育而提供种牛，以及大量提供肥育用的架子牛。
一 ) 纯种选育的条件 一般多在下达情况下进行纯种选育。
1 ．肉用地方品种 该品种具有较一致的体型外貌和较高的生产性能，并具有稳定的遗传性。为了进一步提高其生产性能，促使其体型外貌更趋于一致，需采用纯种选育的方法，来巩固和提高某些优良性状的特性。此法也称为良种选育。如我国优良地方品种秦川牛、南阳牛、晋南牛、鲁西牛、延边牛、复州牛、郏县红牛和渤海黑牛等。通过纯种选育，来逐步纠正外貌结构上的一些缺点，提高其生产性能。
2 ．肉牛优良品种 该品种经过人们培育使其成为专门化肉牛品种，产肉性能很高，具有稳定的遗传性。为了增加群体数量，坚持品种特性，不时提高品质，需要有计划的进行纯种选育。如国外肉牛品种夏洛来牛、利木赞牛、安格斯牛、皮埃蒙特牛、西门塔尔牛、海福特牛、短角牛等良种。均需要采用纯种选育的方法，坚持纯种、扩大群体，以供推广和杂交育种的需要。
3 ．肉用地方种 该品种虽然经济价值不高，不能完全满足人们需要，但某些性状及特性，如适应环境能力、抗病力、耐粗饲、生产性能的某方面有一定或较为突出的优点，这就需要在一定的区域内保留其必要的数量，作为杂交育种的基因库。此法也称保种选育。
4 ．肉用杂交种 该杂交种进入到横交固定阶段以后，需要有目的进行选种选配，卧固定其优良性状，使全群质量进一步提高并趋于整齐。这个阶段的育种工作，虽然不是一个品种内进行选育，可是和品种内选育的方法相似，这种选育方法也称自群繁育。
二 ) 纯种选育群韵交配方式 主要包括亲缘繁育 ( 近交 ) 和晶系育种两个方面。
亲缘繁育：亲缘繁育是指有亲缘关系的公母牛间的交配组合。近交也称近亲繁殖。反映近亲水平的参数是近交系数和亲缘系数。近交系数是表示杂合基因比例降低的一个度量。亲缘繁育既能使某些优良基因纯化，也能使某些隐性有利基因纯合而暴露出来，表示为不良性状而成为不良个体，如体格变小、体质变弱、生产性能降低、畸形发育等。防止近交衰退的方法是一是近亲交配只用 1 次或 2 次，然后用中亲或远亲交配，以保持其优良性状；二是严格选择，防止有共同缺点的公母牛交配；三是严格淘汰那些突变型和重新结合的纯合劣质基因型的不良个体。
三 ) 晶系繁育 品系繁育是育种工作的高级阶段，纯种选育常用的一种育种方法。其特点是有目的地培育牛群在类型上的差别，以便使畜群的有益性状继续坚持和扩大到后代中去。将在某一方面表现突出的个体或类群，采用同质选配的方法就可以将该品种这方面的优良性状继续坚持下去。采用此法，一个品种内建立若干个晶系，每个品系都有其特点，以 后通过晶系间的结合 ( 杂交 ) 即可使整个牛群得到很多方面的改良。故晶系育种既能达到坚持和巩固品种优良特性、特征的目的同时又可以使这些优良特征特性在个体中得到结合。
1 ．建立品系的方法和步骤
1 发明和选择系祖 建立品系的首要问题是培育系祖，有了系祖才能建系。系祖必须是卓越的优秀种公牛，不只自身表示好，而且能将其本身的优良特征特性遗传给后代。如果系祖的特征特性不显著，特别是遗传性不稳定，那么，当与同质母牛选配时，所产生的后代就不一定都具有品系的特征特性。因此，当牛群中尚未发现理想的系祖时，就不应急于建系，应该从积极发明和培育系祖着手。培育系祖时，可以从种于母牛群或核心群中挑选符合品系要求的母牛若干头，与较理想的种公牛进行选配，将所生公犊通过培育和后裔测定，选五留一，建立品系。为了防止系祖后代中可能出现的遗传性不稳定，发明和培育系祖过程中，可适当采取近交选配，以巩固遗传性。但是为了防止由于近交而出现后代生活力降低及某些不良基因结合而出现遗传缺陷，应避免父女或母子交配，近交系数一般不超过 12 ． 5 ％为宜。
2 认真挑选品系的基础母牛 有了优秀的系祖公牛，便可与同质的母牛进行个体选配，与配的同质母牛要认真挑选，必需是符合品系要求的母牛才能与系祖公牛交配。此水晶系的基础母牛还必须有相当的数量，一般每一晶系在建系时，至少要有 100 150 头可供建系的成年母牛，因为可供建系的基础母牛头数越多，则越能发挥种公牛的作用，特别是应用冷冻精液配种的情况下，一个晶系的基础母牛头数更应大大增加。
3 选育系祖的继承者 为了坚持已建晶系，必需培育系祖的继承者。一般而言，系祖公牛的儿子可作为品系的继承者。培育系祖继承者也必需按照培育系祖公牛的要求，通过后裔鉴定选出卓越的种公牛。由于牛的世代间隔较长，因此在建立品系 LK 后，就要及早注意培育和选留品系公牛的继承者。一般一个晶系延续到三代以后而逐渐消失。如果这个晶系没有存在必要，便无需考虑品系的延续问题。若是特别有价值的品系需要保管时，则应采取以下方法： ①继续延续已建品系，方法是选留与原系祖有亲缘关系较多的后代公牛作为晶系的继承者。 ②重新建立相应的新品系，即重新培育系祖。
2 ．品系的结合 晶系的建立是增加品系内部的差异性，坚持品种丰富的遗传性。丽晶系的结合 ( 即品系间的杂交 ) 则是增加品种的同一性。通过晶系的结合，使品系间的优良特征特性得到互相补充，以提高牛群质量。
3 ．采用顶交，防止近交退化 晶系育种是选种工作的重要手段。但是近交常出现后代衰退现象。为了解决这一问题，可采用的方法是首先控制近交繁殖的水平，近交系数不宜过高；此外，当发生近交退化现象时，可让近交公牛与无血缘关系的母牛交配，同一品种内取得杂交优势效果，以达到增强牛群体质，提高生产性能的目的这就称为 “ 顶交 ”
4 ．常见的几种品系类别 由一性能突出的种公牛而发展起来的品系也称为单系。另外，由于建系方法、目的偏重点不同，还有下达几种品系类翌。
1 近交系 近交系是连续的同胞间交配而发展起来的一组牛群，其近交系数往往逾越大群牛乎均近交系数的数十倍，如商达 20 ％以上。