消灭苍蝇的方法很多。目前常用的方法是定期撒药，这个方法既增加费用开支，又对环境造成污染，把苍蝇的天敌也同时杀灭，而且时间长，苍蝇会产生抗药性，很快又繁衍复兴起来。消灭苍蝇，要根据苍蝇生活史，从聚生地多想办法，改善环境，使苍蝇不适生存。
控制舍内湿度 苍蝇卵后在相对湿度 35% 以上才干孵化成幼虫，最佳孵化相对湿度为 70% 坚持栏舍通风干燥是控制苍蝇繁殖最好的方法。为控制舍内湿度，清洁饮水器要小心，以免溢水。饮水器漏水，要立即更换，并把漏水处理干净。饮水槽出水口应用胶管套上，把流出的水引入水沟流到舍外。使用饮水槽时，水槽的水位不要太高，坚持有 0.5 厘米深的长流水水位即可，以免溢出。舍内冲洗时，要把水扫清，打开门窗，加强通风，使舍内地面迅速干燥。
严防蝇蛆逃跑 因蝇蛆老化后，一定要爬出粪坑，钻入干燥的墙缝或舍外松土内，才干变成暗红色的围蛹，围蛹再过几天就羽化为有翅的成蝇。如把舍内地面破孔和墙脚破缝补好，舍的周围筑有坚实的水泥，最好还撒上石灰或杀虫粉，这样老化蛆就跑不出去，蛆的阶段就将其自然消灭。
使用添加剂 饲料中添加灭蝇蛆的药物或者添加剂，可以达到驱除、杀灭各阶段动物体内外寄生虫的目的动物排出的粪便同样能发挥药效杀灭粪沟里的蝇蛆和蛹，从而达到控制苍蝇的良好效果。