一些常用饲料原料中，都不同水平地含有某些有毒成分。这些物质，有的阻碍畜禽营养物质的消化吸收，有的则是干扰畜禽的正常代谢。饲料毒物的毒性，不只取决于它自身的毒力，且在很大程度上还取决于它饲料原料中的含量。当饲料原料中的含毒物质低于中毒临界水平时方可安全饲用。相反，当饲料原料中的含毒物质高于中毒临界水平时，则会危害畜禽健康，甚至还可能造成中毒和死亡。因此，解饲料原料中的有毒成分的性质和特性，对于确保畜禽平安十分重要。
胰蛋白酶抑制因子在许多饲料原料中，都存在着一类叫做胰蛋白酶抑制因子的物质。这类物质在生化结构上是由氨基酸残基组成的多肽，如果它胃内不被破坏，则进入小肠后与胰蛋白酶结合形成复合物，使胰蛋白酶失去活性。这种复合物在小肠内不会被分解，进入大肠后可被微生物降解，或者随粪便排出体外。因此，胰蛋白酶抑制因子不只阻碍蛋白质的消化，还会使部分饲料蛋白质损失。经过高温处置（加热到 100 ℃ ）可使胰蛋白酶抑制因子的结构遭到破坏，所以在热榨豆饼中胰蛋白酶抑制因子可降到 3.4 μ g/ 克，基本上消除这种有毒物质，可以放心饲喂。
致甲状腺肿物质在高产油菜品种的菜子中，芥子苷的含量高达 10% 13% 该物质在饲料或动物体内芥子苷酶的作用下，可产生唑烷硫酮、硫氰酸酯和异氨酸酯等物质。这类物质通过消化道被畜禽吸收后，可阻碍甲状腺利用血液中的碘离子，使甲状腺素（三碘酪氨酸和四碘酪氨酸）合成受阻，引起甲状腺肿大和整个机体代谢紊乱。因此菜子饼虽然营养丰富，但其饲用价值却受到限制。目前已广泛应用畜禽菜子饼（粕）解毒添加剂。经过解毒处置的菜子饼（粕）配合饲料中的添加比例可提高到 20% 经济效益和社会效益都很显著。此外，卷心菜和花椰菜等青饲料中，也含有致甲状腺肿物质，但不过量饲喂或短期饲喂不会引起畜禽甲状腺肿现象。
棉子酚棉子饼中含有游离棉酚、棉酚紫和棉绿素等有毒物质，其中以游离棉酚为主，棉子饼中的含量范围是 0.07% 0.24% 棉酚的毒害作用是引起畜禽机体组织损害并降低繁殖机能。棉子饼中加入硫酸亚铁，可有效地消除棉酚的毒害作用。
植物性血凝素这类物质主要存在于豆科植物中，可引起畜禽血细胞凝集。植物性血凝素经熟热处理后，可破坏其组织结构，平安饲喂。
皂角青在某些豆科牧草和菜子饼中含有皂角青的主要成分皂角苷。猪鸡等过多采食可引起生长不良和中毒等现象。
草酸盐在某些青绿饲料（如苋菜、菠菜等）中，草酸和草酸盐的含量较高。消化道内，草酸能与钙结合成不溶性化合物 - 草酸钙，从而阻碍钙的吸收利用。因此，对富含草酸盐的青绿饲料，饲喂量应严加控制，以免发生低钙症。
霉菌毒素在畜禽饲料中，除了注意饲料原料中的有毒物质外，还必须防止饲料霉变。一些富含蛋白质的饲料是黄曲霉、灰霉等产毒霉菌生长的良好基质。畜禽的黄曲霉毒素中毒，表示为食欲或饮水废绝，脱水昏睡，继而发展为肝脏受损和黄疸。某些谷物饲料霉败后，可产生橘霉素、柠檬色霉素、 T2 霉素和玉米赤霉烯酮等毒素。这些毒素会引起肾脏和肝脏损害、繁殖机能下降，甚至造成死亡。三叶草在发生霉变时，所含的香豆素转化为双香豆素，拮抗维生素 K 可导致畜禽发生维生素 K 缺乏症。