1.由于后备母猪与成年母猪不在同一场，增加了母猪的运输费用及运输途中受感染的风险。后备母猪进场后有时也带来一些健康上的某些不稳定因素。
2.到目前还没有一套合适的关于如何更好地运送这些怀孕母猪的数据系统，这样需要在实践中多观察和积累这方面的资料。
3.程序固定，操作上缺乏弹性。需要至少一万头母猪的饲养量才能便于实施这种方法。当头胎母猪配上种后，必须运往下一个场地。由于后备母猪场向所有成年母猪场提供后备母猪，一旦那里出了健康问题，就会涉及所有成年母猪场。
4.后备母猪短缺是猪场常见的问题，在这种饲养模式中，由于提供的为配上种的后母猪，这样往往难于满足快速扩群的需要，必须提前做好计划。
5.头胎母猪所生仔猪一般比老点的母猪所生仔猪个体小，采食量少，导致保育及育肥阶段日增重低，从出生到出栏的天数较长，因此把头胎母猪所生仔猪放在一起，在圈舍设计上要留出额外的空间。
附：PRRS病毒血清的采集注射方法
从有临床症状的猪或从有暴发迹象的母猪场的产房中的仔猪采集血液。采集的血液立即放在保温盒中运往场内实验室，把收集到的血清1毫升送往诊断室，其余的放在低于-80℃的低温冰柜中。PCR技术检测病毒的准确率不是100%，因此，如果PCR检不出病毒就要采用病毒分离技术，最好同时采用两种方法，对分离的病毒用开放阅读框(ORF5)限制酶切片段多态性分析(RFLP)做病毒毒株鉴定。
不论使用PCR或病毒分离检测为病毒阳性的血清需从低温冰柜中取出放于室温自然融化。血清融化后按1:1的比例用生理盐水稀释，取1ml稀释的血清注入到10头PRRS阴性的实验猪，并把这些猪打上耳标便于辨认。
注射后4～5天把这10头猪杀掉，尽可能多地采集血液放于灭菌的容器中，并且送到场内实验室，通过注射器抽取并离心提纯血清放于灭菌管中。此时的血清要保持原有的温度，升温及冷冻都会减少病毒的数量。试管上要标明来源、日期及接种的猪的编号及存放的血清的量。每个注射过的猪各取1ml血清再送往实验室进行PCR病毒分离及基因序列鉴定。基因序列鉴定的目的是保证扩增出的病毒与场内流行的是一样的。
试管内的血清再存放于-80℃的冷柜中，一般讲从每头接种病毒的猪体内可获得500～700ml的血清，足可以接种1.5～2.1万头猪。场内实验室要做好如下记录：
1.最早的病毒检测RELP分析及同源性分析。
2.扩增的病毒检测PELP分析及同源性分析。
3.采集病猪场的情况。
4.前后收集并贮存在低温冰柜中的血清总量。
5. 取出的日期及数量。
6. 注射病毒的有关详细记录。
向猪群中注射的过程：取出的冰冻的血清要迅速解冻，并放于凉的、灭菌的1:30的生理盐水中。稀释后的血清再放入冰箱中存放，每头猪注射1毫升稀释后的血清。
让猪群接触到这种野毒一般分两种情况。之一是用于后备母猪进入母猪群之前，使后备母猪充分免疫，许多兽医采取这种用法，另一个用法有点争议，就是给母猪群注射，以使猪群迅速平稳下来。