导致母猪胚胎死亡的原因除子宫正常的排斥和胚胎的相互竞争外，主要还有遗传、环境、营养、疾病、年龄以及胎次等因素。
1 遗传因素
1.1染色体畸变研究证实，猪染色体的畸变与胚胎死亡有十分密切的关系。因此，生产中需对窝产仔猪少的公猪和母猪进行细胞遗传学分析，染色体畸形者应立即淘汰。
1.2排卵数及子宫内环境猪的排卵数和胚胎成活率受遗传因素控制。主要表现在子宫长度与胚胎成活率之间有着高度的正相关。子宫营养供给状况对胚胎存活也有较大影响。法国科学家对法国大白猪和中国梅山猪的研究发现，梅山猪的排卵数通常与大白猪接近，但妊娠11d时，梅山猪的胚胎存活率几乎是100%，而大白猪妊娠11d时的胚胎存活率只有48%。主要因素是梅山猪子宫冲洗液中含有大量的蛋白质和葡萄糖，为胚泡发育附植的关键时期提供了良好的子宫环境。
1.3近亲繁殖近亲繁殖也是引起死胎增加的原因。过度近交会使一些致死隐性基因获得纯合表现的机会，使胚胎死亡率增高。
2 营养因素
2.1.微量营养成分维生素A、D、E、C、B2及叶酸和矿物质中的钙、磷、铁、锌、铜、锰、碘都是妊娠母猪不可缺少的微量营养成分。从配种前开始每千克日粮添加3.0~7.5mg维生素A，可以提高窝产仔猪数；维生素E的作用在妊娠前期4~6周和分娩前4~6周特别明显，可提高胚胎成活率和初生仔猪抗应激能力；叶酸有助于提高胚胎成活率，对配种前进行催情补饲的经产母猪，只有在对其补充了叶酸（注射15mg）之后才能提高窝产仔数。矿物质中的钙、磷、铁、碘对妊娠母猪也比较重要，缺乏时会使死胎增加。
2.2.能量水平在妊娠早期，给母猪过高水平的能量，可使胚胎成活率降低。这是因为能量过高，会使猪体过肥，子宫体周围、皮下和腹膜等处脂肪沉积过多，影响并导致子宫壁血液循环障碍，致使胎儿死亡。妊娠前期饲养水平高，也会引起血浆中的孕酮水平的下降。孕酮参与控制子宫内环境，如果血浆孕酮水平下降较大，子宫内环境的变化就会与胚胎的发育阶段不相适应。这种情况下，子宫内环境会对胚胎产生损伤作用。
3 管理和环境因素
3.1.温度妊娠早期，母猪对高温的忍耐力很差，当外界温度长时间超过32℃时，妊娠母猪通过血液调节已维持不了自身的热平衡而产生热应激，胚胎死亡率会明显增加。可能是由于在高温环境下，母猪体内促肾上腺皮质素和肾上腺皮质素的分泌急剧增加，从而控制了脑垂体前叶促性腺激素的分泌和释放，造成母猪卵巢功能紊乱或减退。同时，高温还能使母猪的子宫内环境发生许多不良改变，使早期妊娠母猪的胚泡附植受阻，胚胎成活率明显降低，产仔数减少，死胎、畸形胎增多。公猪对高温更为敏感，可使睾丸组织中的精母细胞活力降低，精子数量明显减少，精液品质降低，此时配种，母猪受胎率和胚胎成活率显著降低。
3.2.分娩时仔猪缺氧窒息仔猪死胎中约70%~90%是在分娩时死亡的，主要是子宫内缺氧引起仔猪窒息所致。常出现几种情况：胎盘收缩，血液流通受阻；部分胎盘脱离子宫；分娩末期位于子宫前端的胎儿由于移行距离长，此间脐带可能因拉伸、挤压而过早断裂，这时若仔猪不能很快产出就会窒息而列。
4 疾病因素
与胚胎死亡关系密切的疾病主要有以下几种：
4.1.细小病毒病猪细小病毒被认为是与母猪死胎密切关联的病原，世界性流行，主要危及未成年的初产母猪。1岁以上的母猪大都具备自动免疫力，并可保持终生。青年母猪最好在9月龄之后或经过血清检验证明其抗体浓度已达到自动免疫水平时才能配种。
4.2.肠内病毒病妊娠母猪感染肠内病毒病会导致胚胎木乃伊化和死胎。
此外，钩端螺旋体病、溶血性葡萄球菌病等细菌性疾病，也会引起母猪胎儿死亡、流产和仔猪存活率降低。
5 其他因素
母猪年龄、公猪精液质量、交配是否及时等因素，都会影响卵子受精和胚胎存活。