1. 常规品种的种子生产
从田间选生长健壮、无病虫害且具有本品种特征的番茄植株作为种株。种株与其他品种应隔10米以上，以防天然杂交。选种株的第二、三穗果，每穗选留4个果实采种。在果实充分红熟后，选果形整齐、色泽鲜艳、符合品种性状的采收。采收后放置在23℃左右的环境中5～7天，挤出种子，任其自然酸化3天，使种子上的胶状物质溶解后洗净晒干。
2. 一代杂种的种子生产
番茄制种时注意亲本的选择，如培育早熟品种，亲本中必须有1个早熟品种；如培育丰产品种，亲本中必须有1个高产品种。番茄花多数在上午开放，1朵花从开放到凋落历时4～5天，雌花的受精能力可保持5～8天，但以当天开放的番茄花授粉效果最好。
第一步：选花序和花朵。杂交亲本选用第二、第三花序，留靠近花序基部发育正常的2～4朵花作杂交用，花序基部已开放的花和上部瘦小的花要及时摘除。
第二步：去雄。在花瓣伸长后期，花粉未成熟之前去雄（花瓣没展开前），去雄时用左手托住母本花基部，右手用镊子轻轻将花瓣拨开摘除花药，注意不要碰伤子房和花柱，去雄后立即套纸袋隔离。
第三步：花粉采集和保存。在父本花开放花粉还没散出时，于早晨露水干后采集花粉。方法是将花朵摊开放干燥后轻轻敲打，使花粉落在盛装的容器里，未裂开的花粉囊可先拔开再轻敲打。花粉取出后在低温干燥避光处可保存2天。
第四步：授粉。去雄后2～3天母本花已完全开放，柱头上分泌有黏液时，可在无风天气的上午8～10时进行授粉。先将隔离纸袋取下，再用毛笔蘸取花粉轻轻向母本花柱头涂抹，最后将隔离纸袋套上并记上授粉日期。
第五步：种子采收。授粉后第六天，可将纸袋摘掉，并在采种果上做上标记。在采种果充分红熟时采收挤出种子。