用科学的方法对山羊进行选种，主要采取系谱鉴定、自身鉴定和后裔鉴定。
系谱鉴定系谱是一只山羊祖先情况的记载，借助系谱可以了解被选个体的育种价值，过去的亲缘关系和祖代对后代在遗传上影响的水平。系谱鉴定就是分析各代祖先的生长发育、健康状况以及生产性能来确定山羊的种用价值。因此，选择种山羊时，首先要查看被选山羊的祖代资料。特别是挑选幼龄种山羊时，应以系谱作为选种依据。一般要查看三代资料。
自身鉴定就是对候选山羊本身的表示进行评定而确定其质量的优劣水平。主要依据自身的生产性能，如肉用山羊的日增重；乳用山羊的产奶量；毛用山羊的剪毛量；皮用山羊的毛皮品质。同时也要考虑其他指标，如生长发育快慢、品种特征是否明显、体质是否健康和健壮，外形长得好不好等。
后裔鉴定就是根据后代的品质来选择种山羊，多用于优良公羊的后裔测定。
要使山羊选种达到目的取得好的效果，进行山羊选种时，一是注意坚持规范，严格淘汰。选种不按标准来选就达不到预定目的选种不配合淘汰，也是达不到预定目的二是注重选种方法。三是注意资料的登记、整理、分析。四是检查系谱时应注意祖代的优点；也要注意祖代的缺点和缺陷。五是自身鉴定时，要注意根据育种和生产需要确定鉴定项目。项目的确定要注意其实效性，不宜太多。六是后裔测定时要注意条件的一致性。