为了预防传染病的发生，养殖场必须制定合理的免疫程序以保护鸭群健康。一个地区鸭群可能发生的传染病不止一种，而可以预防这些传染病的疫苗（菌苗）的性质不尽相同，在鸭体内所产生的抗体并能抵抗病原微生物侵袭的期限（免疫期）也不同。因此，鸭群需使用多种疫苗（菌苗）来预防不同疾病，也需要根据各种疫苗（菌苗）的免疫特性来制定预防接种的次数和时间，这就形成了在实际中应用的免疫程序。一个合理的免疫程序能够很好地预防疾病的发生，并尽量减少因为疫苗免疫给鸭群造成的应激反应。因此，种鸭免疫应避开产蛋高峰，雏鸭免疫应考虑母源抗体的存在。给鸭群打预防针既要减少人力、物力的浪费，又要提高免疫质量，关键要看免疫效果。鸭场可根据本地区和本场疾病发生情况，适时适度地引入疫苗进行免疫，例如在鸭肝炎的高发区或受肝炎威胁的地区就必须进行鸭传染性肝炎的免疫。
疫苗免疫，对鸭群本身是一种应激，为了减小这种应激，可在饲料或饮水中添加多维电解质。不同季节，免疫接种要注意必要的细节问题。冬季气温极低，使用油乳剂灭活疫苗时，先要将疫苗恢复至室温，否则注射到皮下的疫苗形成疫苗团而不易吸收；夏季气候炎热，疫苗接种时，首先要保证充足的饮水，并且尽量将免疫时间安排在清晨凉爽的时候。免疫中，要不断摇匀疫苗，使每只鸭都能获得等量有效的抗原免疫。接种组织弱毒苗时，免疫全程时间最好控制在1个半小时内，以防疫苗在温度过高的鸭舍中长时间暴露而影响病毒的免疫活性。
建立科学的疾病防御体系是控制疫病流行的保障。
把好入口关 大门口树立标识“防疫重地，谢绝参观”，设专人把守，严禁外来车辆和人员进场；进入生产区时必须洗手消毒并经消毒通道（有消毒水池和紫外光）方可进入。
防止交叉感染 各舍饲养员禁止串场、串岗，以防交叉感染。场区环境应保持干净无污，随时射杀进入场区的野鸟，严防其粪便污染饲料和运动场；坚持定期的全场和带鸭消毒，发病期间要天天消毒；做好灭鼠和灭蚊蝇工作。病死鸭和剖解病料必须做无害化处理，不得任其污染环境，造成人为的疾病发生。
科学疾病防治 兽医对病死鸭要勤于剖解，病料应及时进行实验室检验，依据药敏结果用药防治。初期投药后，兽医仍应进行跟踪治疗，直到病愈为止。兽医根据药敏试验、临床用药情况、发病日龄和季节，结合生产实践，获得本场的预防用药程序。在选药时，避免使用假冒伪劣兽药而造成免疫失败，导致严重的经济损失。