饲养的环境应符合行业标准的规定。番鸭病以预防为主，必须要时，经准确诊断后用药。必须用药时，应在受过专门训练、用药经验、合格的兽医，以便选择恰当的药品，避免滥用药物。
对番鸭进行预防、诊断和治疗疾病时所用的兽药，必须符合《中华人民共和国兽药典》、《兽药质量标准》、《进口兽药质量标准》和《饲料药物添加剂使用规定》。所用兽药必须来自具有《兽药生产许可证》和产品批准文号的企业，或者具有《进出口许可证》的供应商。所用兽药的标签必须符合《兽药管理条例》的规定。
兽药使用中有很多禁忌，如禁止使用有致癌、致畸和致突变作用的兽药；禁止在饲料中长期添加兽药；禁止使用未经农业部批准或已经淘汰的兽药；禁止使用会对环境有严重污染的兽药；禁止使用激素类或其他具有激素样作用的物质和催眠镇静类药物；禁止使用未经国家兽医行政管理部门批准的用基因工程方法生产的兽药；限制使用某些人、畜共用药。
兽药的使用要注意配伍禁忌和体内相互作用。农户如果对这些禁忌不太了解的话，可以多咨询兽医。
番鸭病的治疗和预防药物使用需要严格遵守规定的作用与用途、使用剂量、给药途径、疗程和注意事项。药物使用时要防止耐药性的产生和传播。抗球虫药应以轮换或穿梭方式使用。
所有药物都要遵守休药期或弃蛋期规定，未规定休药期的品种，应遵守肉少于28天，蛋不少于12天的规定。产蛋番鸭在产蛋期间正常情况下，禁止使用任何药物和添加药物饲料添加剂，包括中草药和化学治疗药物。番鸭在产蛋阶段发生疾病用药治疗时，从用药开始到用药结束后的前一段时间内（即弃蛋期）产的蛋不得作为食用蛋出售，不得供人食用。《中华人民共和国兽药典》规定，用于家禽的中药材、中药成方制剂，应充分考虑药物在禽肉和禽蛋中的残留量。育成番鸭产蛋前要停止用药，停药时间因药物而异，应保证产蛋开始时药物的残留量符合要求。
必须使用符合《受用生物制品质量标准》规定的疫苗对番鸭进行免疫，并符合行业标准的要求。
在无公害番鸭的饲养过程中，使用兽药要求建立详细记录。还要建立并保存免疫程序记录，包括所用疫苗品种、使用方法、剂量、癖好生产单位。建立并保存患病番鸭的预防和治疗记录，包括发病时间及症状、预防或治疗用药的经过、药物种类、使用方法及剂量、治疗时间、疗程即停药时间、所用药物的商品名称及主要成分、生产单位及批号、治疗效果等，并记录保存。