耕地占补平衡，来源于1999年1月新《土地管理法》正式实施，明确提出：实行占用耕地补偿制度。同年2月，国土资源部发文要求实行“建设用地占一补一制度。明确提出了耕地占补平衡概念，即建设占用多少耕地，就要补充多少数量和质量相当的耕地。同时在总结各地土地开发整理经验的基础上，提出了两项重要政策：一是土地置换政策；二是百分之六十指标折抵政策。2004年国务院发布28号文件，提出了”增减挂钩”政策，即“鼓励农村建设用地整理，城镇建设用地增加要与农村建设用地减少相挂钩”。政策设计的要点是：通过对农村集体建设用地进行折旧复垦，耕地增加，城市建设也获得了相应土地指标，一举多得。项目封闭运行，严格的项目审批制度，挂钩试点经国土资源部批准，每年下达的项目指标规模的限。
占补平衡政策的基本逻辑是：占多少耕地，需被多少耕地。以确保我国的土地红线。而增减挂钩的基本逻辑是：减少多少农村建设用地，可以增加多少城市建设用地，平衡指标。占补平衡侧重在于耕地保有量不减少，增减挂钩着眼于建设用地增量的开发。两者的关系不再是占多少补多少的关系以，而是强调增量的关系，对地方形成激励。
应当说这两项政策仍然在耕地管理中发挥着重要作用有。今年4月湖北省人民政府发出《关于实行最严格节约集红用地制度的通知》，提出；加强耕地保护，对建设占用耕地的，按照以补定占、先补后占、占优补优的规定落实耕地占补平衡。对城乡建设用地增减挂钩、农村土地综合整治优化出来的建设用地指标和耕地占补平衡指标实行有偿使用。
实行耕地占补平衡和城乡建设用地增减挂钩政策，在我省发挥了积极成效。如武汉市2011年到2013年依法批准非农业占用耕地面积12.64万亩，同期通过各种办法进行了补充。实现了占补平衡。宜昌市2013年全市现有耕地605.25万亩，已经连续12年实现了耕地面积地占补平衡。允许县区将多余的新增耕地指标在市域内转让，提高了各地净增耕地面积地的积极性。黄冈市实际耕地面积813。59万亩，基本农田保护面积487万亩，连续三年高于省政府下达的责任目标。
但是占补平衡和增减挂钩政策也面临着新的挑战：主要表现在：
一是经济发展对耕地的依赖程度巨大，耕地保护的形势更加严峻。不少地方处于工业化和城镇化加速推进期，随着工业化、市场化、城镇化进程和加快，总体上耕地数量和质量都在下降而且处于加剧趋势。一些地方耕地后备资源匮乏，难以实现市域内的占补平衡。
二是随着国务院关于进一步推进户籍制度改革的意见的实施，大量农民涌入城镇和城市，新农村建设和大量城镇化扩张难以避免占用大量的基本农田。
三是建设用地规模指标严重不足，一些城市经济处于快速发展阶段，各类重大项目加速推进，有的市省里下达年度用地指标不足7000亩，而实际用地需求量达到2万亩以上，违法用地现象仍时有发生。某市经上级批复的土地利用规划到2020年新增用地规模136平方公里，而过去三年已经超过了100平方公里，按此速度只能维持到2016年。
四是对集体经营性建设用地入市进行顶层设计。中央和省有关文件提出了农村土地使用制度改革的重点，探索集体经营性建设用地入市、农村住宅地有偿退出机制。要加快进行试点，制订出台实施办法。
五是完善节约用地绩效考核体系，将每年新增建设用地量与新增GDP增加值挂钩，确定GDP地耗指标，更准确地反映一个地方每年GDP的增加值所消耗的新增建设用地，更准确地反映一个地方经济发展对土地资源节约的水平，促进当地政府节约集约用地。
六是制定优惠政策，激励节约集约用地。
七是健全税收调节机制，全额征收城镇土地使用税，代征20%的土地闲置费，加大税费征收措施。