蝎子是传统的药用动物，以蝎为主剂配制的中成药达30多种，蝎是国内外紧缺的名贵中药材，主治风疹及中风、半身不遂、口眼歪邪、语涩、手足抽搐等。我国现在已能提取蝎毒并进行提纯分离，已试用于癌症、心脏病和神经系统疾病治疗。
在中药上，将干燥后的蝎全体入药称为"全蝎"或"全虫"。市场上出售的全蝎有两种加工方法。
1、咸全蝎加工方法首先将蝎子放入冷水中，洗净粘附在身上的泥土和排出粪便，但时间不宜过长，不要把蝎子淹死。然后按每千克活蝎用盐120-200克，将盐溶解在2-3千克的清水中，捞出活蝎放到盐水里，很快就被淹死。在盐水中浸泡8-10小时捞出蝎子，再将盐水澄清，倒入大铁锅中煮开，随即再将捞出的蝎子放入沸盐水煮10-20分钟。最后将蝎捞出，摊在草帘或席子上放在通风处阴干，即成“咸全蝎”。
2、淡全蝎加工方法适量水中加放少许盐，一般按每千克活蝎用盐30克，把盐水煮开，将蝎放冷水中洗净，随即将洗净的活蝎放入沸盐水中煮，待水再次沸腾时即可捞出，晒干即成“淡全蝎”。
咸全蝎夏天反卤易掉腿，甚至破碎，但能防虫蛀，淡全蝎较完整，但易被虫蛀。