干蛇毒吸水性强、不耐热，在高温、潮湿或阳光的影响下，均宜变质并失去酶的活性。所以，必须做好以下几点才能长期保存。
⑴ 干燥好的蛇毒称重后，应尽快装入茶色或棕色瓶内，瓶口用软木塞塞紧，然后用蜡或真空油密封。对大瓶的干毒，为了尽量减少不必要的开启，可在密封前先取出一些封装于样品瓶内，以便随时供查或满足零星的小客户，重量可酌情封装。
⑵ 封装好的蛇毒可放置室内的阴凉处或冰箱恒温保存，一般可保存10年以上。切忌置于阳光下或高温超过30℃的地方，如火炉或暖气片旁。
⑶ 如保存干毒的数量、品种较多时，一定要盛毒的器皿上标有蛇毒的名称、重量、采毒日期或检验批号等。为避免光线照射，外面最好使用金属有色纸或锡箔避光。
⑷ 蛇毒是剧毒品，应有专人保管、严格交接手续，按国家剧毒品管理规定执行，不得随意拿取，以免混放而影响质量或发生意外。
⑸ 为了长期保存设备，最好每隔一段时间（1年左右）再次进行真空干燥一次，以免回潮影响蛇毒质量。
据报道，有人将眼镜蛇毒干粉放入棕色瓶内，在室内阴凉处保存了30年以后，蛇毒的致死作用仍保持原有致死作用的90%。