影响配合饲料质量的因素可归纳为：人员的素质、配方、场地、设备及加工工艺、原料、质量检测，规章制度等。
饲料配方因素
电脑配方软件的应用使饲料配方的约束条件增加到十几个甚至更多，使得配合饲料的质量有了飞跃性的提高，但在实施上却忽视了动物试验的检验环节。多数配方未做动物试验就用于生产，忽视了地理条件的不同、饲养地水质的不同、饲料原料产地的不同、动物品种及杂交组合的不同、饲养方式不同等对配合饲料质量的影响。一个好的配方必须是经过当地的动物及饲养条件下的饲养试验检验的。方法多采用先在本厂内的试验场进行严格的科学试验，检测项目尽可能多些，鉴于食品安全性日益被人们所重视，有条件的最好做这方面的测定。然后选择有代表性的区域（点）在养殖户中做中试，以检测动物增重、饲料报酬、经济效益等主要指标。最后扩大到面上的试验，推广扩大试验以观察指标为主。许多饲料厂都有自己的养殖场，但多数都把它当作消化退回料或仓库下脚料之用，十分可惜。
面上的试验也应科学、严谨。有相当数量的厂，雇用了大量的人员（有的多达300～400人），每个村派驻两人在农户家做试验，这本是好事，可惜的是他们未按科学的饲养试验方法来操作。选的动物多数营养较差但骨架较好，试验前所谓的洗胃，也就是喂些如石灰水类的物质（甚至是轻泻剂），让试验猪排空胃肠并吃得很少，有的甚至使试验猪造成生理性脱水。试验开始时让农民亲自称早上空腹猪，然后喂他们带来的料（较好的）或添加剂，饲养期多在10天左右结束，还是让农民来称猪的早上空腹重。所得结果好的惊人，少则每天增重2~3斤，多则3~5斤。表面上看无可挑剔，农户家做的试验、农民自己喂猪称猪，还能假吗？但用科学的方法分析它，其结果是不可信的、是伪科学。首先，我们都知道，营养不良的动物在营养改善后短期内的生长速度会大大超过正常值，这在生理上称为生长补偿。其二是前后两次的“空腹”不一样，前面的空腹不但胃空了，连肠子也空了，甚至还有机体的生理脱水。后面的空腹却是头天晚上吃得饱饱的，次日早上胃可能只空了一半，而肠内却是满满的，机体的脱水也得到充分的补充。后面的“空腹”水分这么多，加上计算日增重时，除以一个很小的数（7～10天），能不“长”3斤吗？这种试验若是不懂试验方法、是无意的，应该加以纠正，若是有意的，那就是一种欺骗行为。
原料的检测问题
1.霉菌毒素的检测。以往的原料也有霉变的问题，但多数是用量较少的原料（如花生饼（粕）等），对配合饲料产品影响不大。故人们一直不重视它。随着国家贮备粮的新陈更替，大量的陈玉米、稻谷用于饲料，玉米、稻谷都是占配合饲料比例大的原料，如果它们出问题，配合饲料能不受影响？有资料报道，2002年由于配合饲料使用了大量的陈玉米，致使全国妊娠母猪流产率提高了10%～15%，小母猪假发情的现象更是屡见不鲜。饲料的霉素毒素不但影响饲养动物的生产性能，还可能因残留而影响畜禽食品的安全，影响到人的健康，希望饲料厂家和各级饲料监测部门给予足够的重视。
2.原料掺假物的镜检。多数厂家只重视常规养分的测定，如测定粗蛋白、水分、灰分等，而忽视镜检的鉴别检查。好些饲料，常规成分检测是较难区别其质量好坏的。鱼粉中的掺假物就是较典型的例子。如鱼粉中掺有植物性的饼粕（多为廉价的棉、菜粕）和劣质的动物性蛋白料（如水解羽毛粉、蹄角粉、血粉、皮革粉、肉骨粉等），测定粗蛋白、纯蛋白是无法加以区别的，而镜检却是很好的鉴别方法，可直接镜检或用酸碱除去颜色、溶去可溶物后镜检，每一种物质都有其特有的显微结构，在显微镜下有“一目了然”的效果。原料的掺假现象是较严重的，不但价格较贵的原料（如氨基酸、维生素、鱼粉、豆粕等）掺假，就连价格低廉的统糠，有的也掺有黄泥粉、白泥粉等。
使用抗菌药物问题
在饲料中使用非治疗量的抗菌药物作为促长剂，因其残留和细菌耐药问题最终被全面禁用虽然已形成共识，但我国离全面禁用可能仍有一段时间。所以猪禽饲料使用抗菌药物还是较为普遍的现象。问题是，多数厂家在使用抗菌药物上都带有很大的盲目性，表现在超量和多种药剂同时使用，因为他们不知道哪种药物最好，这种现象在幼龄动物饲料中特别突出。目的在于较好地预防疾病，但却忽视了“是药三分毒”的副作用。小猪阶段天天吃超量的药，可能对机体造成永久性的损伤。建议饲料企业经常在自己的销售区域内广泛采样，做细菌的分离培养和药敏试验，选用高敏药物，这样不但用药少，效果好，副作用小，同时也降低了成本。
饲料系酸力问题
有些饲料厂家喜欢将矿物质饲料当填充料使用，这样做就忽视了两个问题。一是易造成矿物元素代谢的紊乱；二是提高了饲料的系酸力。有资料表明，仔猪饲料的系酸力在20时最好，超过30就可能使饲料的质量下降。因为提高了饲料的系酸力，就必然会降低饲料在胃肠道中的酸度，其结果是饲料的消化率下降，同时也抑制胃肠道有益微生物的生长和增加有害微生物大量繁殖的可能性。
此外，检验制度实施上的打折扣，也是影响产品质量不稳定的因素，制度上是每批原料必须检验合格才能进厂，产品检验合格后才能出厂。但仍有部分厂，当原料产地不变、外观无大的差异时就免检了。当原料、配方不变时，就不是每批产品必检了。委托检验的指标，好的厂是每季度检一次，较一般的半年一次，有的甚至一年才检一次。设备性能的检测也不按要求进行，如搅拌机搅拌的最佳时间是多少？可能不知道，但它们对配合饲料质量的影响是很大的，希望生产厂家重视。