控制养猪生产中的粪、尿、废水和恶臭对环境污染，保护生态环境即是养猪场自身发展的需要也是环境保护的要求。处理粪、尿、污水的方法主要有以下几种。
1、 堆集发酵用作农家肥。采用猪粪单独干收集、堆积发酵用作农家粪或自作有机肥；尽量减少冲洗用水，废水、废渣用于制作沼气用作照明、供暖，沼水浇灌农作物。
收集干猪粪堆放在发酵塘内，上面撒一层生石灰，再盖上塑料膜或糊上一层泥巴，让其发酵1个月左右，作农家肥供种植果树、蔬菜。对防制猪的寄生虫病也很有好处。
2、 制作有机肥。
3、 废水处理。处理过程为固液分离-厌氧池-发酵-好氧池发酵—混凝沉淀—达标排放。
养猪场排出的废水中固体悬浮物含量很高，通过固液分离可使液体部分的污染物负荷量大大降低，防止后续处理设备的堵塞损坏。
养猪场排出的废水属高氮、磷和高有害微生物的“三高”废水。因此，厌氧发酵成为养猪业污染处理中不可缺少的关键技术，可有效去除大量的可溶性有机物，而且能杀死病原微生物。沼气发酵技术就是最好的厌氧发酵，已被广泛应用。常用的还有上流式厌氧污泥床。
天然好氧发酵时利用天然的水体和土壤中的微生物来净化废水的方法。常用水体好氧发酵，通过好氧塘、兼性塘、厌气塘河养殖塘来处理废水，可达到二级处理标准。